История города Пафос берет свое начало с эпохи неолита и относятся к третьему тысячелетию до нашей эры. Наиболее крупное поселение располагалось неподалеку от деревни Куклия (Kouklia) – на побережье в 12-ти километрах к юго-востоку от современного Пафоса. Это поселение, называемое сейчас Старым Пафосом (Палеа-Пафос), было важным религиозным центром острова и в нем процветал культ догреческих божеств плодородия. Теменос (священный участок, посвященный определенному божеству) богов плодородия в Палеа-Пафос считается одним из древнейших на Кипре. Со временем культ в Старом Пафосе трансформировался в культ Афродиты. Основателем Палеа-Пафос называется финикиец Кинир – мифический первый царь Кипра. Кинир в Палеа-Пафос возвел святилище Афродиты и стал ее первым верховным жрецом.
Около XII века до н.э., после окончания Троянской войны на Кипр прибыл один из героев этой легендарной битвы Агапенор, предводитель аркадцев. Согласно древнегреческим историкам и географам Павсанию и Страбону, Агапенор основал Новый Пафос (Неа-Пафоса) – город, располагавшийся неподалеку от гавани современного Пафоса. В Палеа-Пафос Агапенор возвел величественный и знаменитый храм Афродиты, после чего этот город стал служить исключительно религиозным центром культа богини. Неа-Пафос взял на себя административные и торговые функции. Позже Палеа-Пафос и храм Афродиты были разрушены землетрясением и фактически прекратили своё существование. Останки храма Афродиты сохранились и до наших дней.
Примерно в 300 году до нашей эры Неа-Пафос окончательно сформировался в часть современного Пафоса, называемую сегодня Нижним Пафосом (Като-Пафос). В IV веке до н.э. Пафос попал во власть Птолемеев, династии правителей Египта. Это время стало первым периодом расцвета Пафоса. Город стал важным аванпостом для армии Птолемеев в восточном Средиземноморье, а открытие первого порта в гавани Пафоса позволило наладить торговлю с Египтом. Порт Пафоса – один из древнейших портов на всем Кипре, а в свое время и один из важнейших портов Средиземного моря, связавший торговлю стран северной Африки, ближнего востока и юга Европы. Благодаря консолидации экономических и административных центров Неа-Пафос даже перенял статус и функции столицы Кипра у города Саламин (располагался на восточном берегу острова, в шести километрах к северу от современной Фамагусты).
В 58 году до н.э. Пафос перешел во владение римлян. Город сохранил свои административные значение и функции, стал местопребыванием римского проконсула. Пафос остался единственным городом Кипра, который сохранил за собой право чеканить собственные монеты – знаковая и почетная привилегия в те времена. К периоду правления римлян также относится строительство наиболее крупных и знаменитых археологических памятников Пафоса. Среди них амфитеатр, одеон (здание для проведения музыкальных и певческих состязаний), агора – рыночная площадь, служившая местом проведения общегражданских собраний, храмы олимпийских богов Зевса, Афродиты, Аполлона, Артемиды и асклепион – храм бога медицины Асклепия.
В 365 году Пафос сильно пострадал от разрушительного землетрясения. К концу IV века город был восстановлен, но уже утратил статус столицы Кипра. В этот же период в Пафосе были возведены ряд знаковых для города христианских храмов.
Период с VII по IX века для Кипра стал периодом грабительских арабских нашествий. С 647 года Пафос, как крупный портовый город, часто атаковался с моря и стал постепенно приходить в упадок. Чтобы обезопасить себя жители города Пафос покидали свои дома у неспокойного побережья и стали селиться на возвышенности ближайшего к гавани холма. Со временем так образовался новый район города, названный Верхним Пафосом (Пано-Пафос или Ктима). Часть города, расположенную у побережья, стали называть Като-Пафос (Нижний Пафос). В Пано-Пафосе также начали возводиться основные административные здания. Возвращать былое богатство Пафос стал только в 965 году после присоединения Кипра к Византийской Империи.
В 1191 году Пафос был захвачен крестоносцами под предводительством Английского Короля Ричарда I Львиное Сердце. В 1192 году Ричард передал власть над Кипром своему вассалу Ги де Лузиньяну. За время правления на Кипре династии Лузиньянов прибрежные города Кипра, включая Пафос, активно укреплялись, обзаводились новыми оборонительными сооружениями. В Пафосе были перестроены старая византийская крепость и возведен “Замок Сорока колонн” (Саранда Колонес). Замок был разрушен землетрясением в 1222 году и больше не восстанавливался. Вместо восстановления старого замка у западного края гавани города Пафос был возведен новый форт, который существует и поныне – Пафосский Замок.
Несмотря на попытки защитить город от нападений захватчиков, Нижний Пафос покидало все больше жителей. Город опять вернулся к упадку. В период правления на Кипре Венеции, а за тем и Османской империи, Пафос оставался экономически слабым регионом. Древний порт, который обеспечивал городу Пафос экономическое процветание и стратегическое значение был занесён песком; повышение уровня дна сделало невозможным вход в гавань для больших кораблей. В XVIII веке количество жителей Пафоса не превышало тысячи. Лишь в 1908 году дно гавани Пафоса было углублено, что позволило порту вновь принимать суда, а городу начать восстановление экономики.
До 1974 года Пафос и его регион считались самым депрессивным районом Кипра. После событий 1974 года, в ходе которых Республика Кипр лишилась части своей территории, на которой процветал туристический бизнес, власти Кипра начали активно развивать Пафос как курортный город. С 1980 года в Пафос стали поступать значительные государственные и частные инвестиции. За счет этих средств возводились курорты, в последствие ставшими знаменитыми на всю Европу, отели, рестораны и развлекательные заведения, обновлялась инфраструктура. Привлечению все большего числа иностранных туристов к городу Пафос крайне положительно способствовало значительное количество уникальных памятников древности и мест, с которыми связывались популярные персонажи легенд. Вскоре после этого Пафос вошел в число элитных курортов Кипра и стал очень популярным туристическим направлением у Европейцев и Британцев.
